Mae’r ysgol yn gweithio’n agos gydag Ardal 43 i ddarparu cefnogaeth a chwnsela i fyfyrwyr sydd angen y gefnogaeth honno. Gall myfyrwyr gael eu cyfeirio gan staff yr ysgol, rhieni neu hunan-gyfeirio. Mae pob cyfarfod yn gyfrinachol ond mae’r gwasanaeth cynghori yn gweithio’n agos gyda’r ysgol ar faterion amddiffyn a diogelu plant os ydynt yn codi.